抗病毒要讲究时机，并不是所有感染乙肝病毒的人都需要治疗。乙肝病毒携带者即使HBVDNA水平很高，只要肝功能正常，就无需进行抗病毒治疗。但要坚持定期检测，不能掉以轻心。
年最新出版的《慢性乙型肝炎抗病毒治疗专家共识》指出，肝功能代偿期：HBVDNA水平超过1×拷贝/ml和（或）血清ALT水平超过正常值上限，肝活检显示重度至重度活动性炎症、坏死和（或）肝纤维化的乙肝患者都需要进行抗病毒治疗。此外，肝活检显示重度至重度活动性炎症、坏死和（或）肝纤维化的患者，也应该立即开始抗病毒治疗。
后果近期国内的一项万人调研结果显示：在口服抗病毒中，63%患者自行停药，其中57%的患者病情加重。专家指出，乙肝抗病毒药物治疗，需要长期吃药,通常情况下需要2年左右的时间,如果停药一定要在专科医生指导下，不然病情不稳固的情况下停药，不仅起不到对乙肝病毒的抑制作用，而且还可能加速耐药的发生，甚至使病毒的复制反弹，导致病情加重。
毒药物治疗治疗的适应症乙肝带毒者不是抗病毒治疗的适应症，一般都不应当使用抗HBV药物。但是，当本人强烈要求进行治疗时，就一定要做肝穿刺检查，如能证明肝脏确确实实存在炎症改变，又符合慢性乙肝的病理学诊断标准，或通过肝穿刺证明是早期肝硬化，同时血清学检测HBv标志物证明有病毒的复制，这才可以给予抗病毒治疗。
抗病毒治疗乙肝一般适应证包括：
①HBeAg阳性者，HBV-DNA≧，(1E5，10的5次方)拷贝/ml（相当于20IU/ml）；HBeAg阴性者，HBV-DNA≧00（1e4，10的4次方）拷贝/ml（相当于2IU/ml）；
②ALT≧2×ULN；如用IFN治疗乙肝，ALT应≦10×ULN，血清总胆红素应﹤2×ULN；
③ALT﹤2×ULN，但肝组织学显示KnodellHAI≧4，或炎性坏死≧G2，或纤维化≧S2。
对持续HBV-DNA阳性、达不到上述治疗标准，但有以下情形之一者，亦应考虑应用抗病毒治疗来有效的治疗乙肝：
①对ALT大于ULN且年龄﹥40岁者，也应考虑抗病毒治疗乙肝；
②对ALT持续正常但年龄较大者（﹥40岁），应密切随访，最好进行肝组织活检；如果肝组织学显示KnodellHAI≧4，或炎性坏死≧G2，或纤维化≧S2，应积极给予乙肝抗病毒治疗；
③动态观察发现有疾病进展的证据（如脾脏增大）者，建议行肝组织学检查，必要时应对乙肝给予抗病毒治疗。
治疗原则一是HBv复制活跃，HBeAg阳性、HBvDNA阳性；
二是肝脏组织有炎症改变。
对第一条，乙肝带毒者都可掌握，化验单上是一目了然的。对于第二条，乙肝带毒者自己就难于掌握，没有症状，转氨酶不升高，也只有通过肝穿刺来证明了。
分类1、核苷（酸）类似物
这类药物的优点是：三性“有效性、易行性、安全性”，但是也有疗程不固定、易发生病毒耐药、停药后易复发等的缺点。拉米夫定，阿德福韦酯，替比夫定，恩替卡韦，替诺福韦酯，克拉夫定等。
拉米夫定（贺普丁）优点：上市时间最长，疗效确切，不良反应少、且进入医保；缺点：持久应答率低、病毒耐药率高（14%，38%，49%，66%）。
阿德福韦（贺维力、名正、代丁等）优点：耐药变异率低（0、3%、11%、18%、29%），对拉米夫定耐药者仍有效；缺点：抗病毒作用较弱，起效慢，有潜在的肾毒性。
恩替卡韦（博路定）优点：作用强，耐药率低（5年累计耐药率1.2%)；缺点:价格较贵。
替比夫定（素比伏）优点：作用强，HBeAg转换率高(22%)；缺点：变异率较高，有肌酸激酶升高等副作用，上市时间短，抗病毒作用，长期疗效和安全性都有待证实。
拉米夫定耐药患者优先选择联合阿德福韦酯治疗，不推荐交替使用阿德福韦酯和换用高剂量的恩替卡韦治疗。阿德福韦酯耐药患者可改用或联合替比夫定，拉米夫定或恩替卡韦治疗。临床研究显示，核苷类似物耐药患者改用干扰素治疗可能是有效的治疗方法。
2、中医中药
中医中药优点是作用机理全面，具有抗病毒、调节免疫、抗炎抗肝纤维化等多重作用，但是却起效慢，抗病毒的速度难以和西药相比。
中药治疗乙肝主要适用症状明显的患者、乙肝病毒携带者、慢性轻度乙型肝炎、联合西医抗病毒药物治疗的慢性乙肝患者、乙肝后肝硬化、合并肝癌的患者。
用药原则核苷(酸)类似物
核苷(酸)类似物的口服药，像拉米夫定、阿德福韦酯、替比夫定、恩替维卡等。这些药物也是通过抗病毒，进步免疫力来治疗乙肝的。都是治疗乙肝中常用的很不错的抗病毒药物。拉米夫定能抑制乙肝病毒复制，但缺乏免疫调节功能，但是完全应答率不理想。还有就是阿德福韦、恩替卡韦、替比夫定等，都有不可避开的耐药性，而且药价较高。
药物注意单纯的乙肝抗病毒治疗药物会产生一些弊端，在乙肝患者在初治选择疗法的时候还是需要谨慎，特别是要注意以下几点：
1、单纯的抗病毒药物仅能抑制病毒复制，不能完全清除病毒，也就是说它能够控制病情进展，但不能完全治愈乙肝。甚至有少数患者对某种药物不敏感，需换用另一种；
2、疗程长（核苷类似物至少为2年，甚至更长时间；），药物需按时应用，切记不能自行随意停药。在治疗过程中需定期在专科医生处就诊，复查相关指标；
3、同大多数病毒一样，乙肝病毒也容易发生变异，有许多患者未用药也发生了病毒变异（如前C区变异）；同样在抗病毒治疗的过程中，也有可能出现病毒变异，极少数可引起病情突然加重；
4、任何药物都具有一定的不良反应甚至出现一些意外情况。核苷（酸）类似物最常见的不良事件有乏力、呼吸道感染样症候群、头痛、腹部不适和腹痛、恶心、呕吐和腹泻、皮疹等；最严重的不良事件有乳酸性中毒、肾功能损害、肌酸激酶（CK）升高等。干扰素的不良反应相对更多。应当在专科医生处定期随访，防范严重不良事件的发生。
治疗注意1、没有HBV指标，ALT再高也不要贸然应用抗病毒药，应查找ALT升高的真正原因。
2、急性乙肝时，虽然ALT很高，HBVV也有明显的复制，但也不宜应用抗HBV药物，因为急性乙肝病人免疫功能正常，它们能猛烈攻击HBV，很快会把HBV清除掉，虽然肝细胞有大量损伤，但肝细胞有极强的再生功能，HBV被清除后，能够很快修复而恢复正常。急性乙肝预后良好，仅有极个别的病人可能转为慢性乙肝。
3、慢性乙肝，可能是“小三阳”，也可能是“大三阳”，但ALT一直不高，不超过正常值上限两倍，临床实践证明，这类肝炎使用抗病毒药的应答率很低，效果不好，他们体内还存在免疫耐受问题，此时可暂不应用抗病毒药，要注意观察，定期检测肝功能。
4、肝活检有典型的慢性肝炎改变，甚至是早期肝硬化改变的，此时病人ALT即使不高，如有HBV复制，也应当进行抗病毒治疗。
5、慢性乙肝时，如果ALT升高超过正常值上限10倍以上，黄疸又非常明显，这时更不能自己随意用抗病毒药，必须请专科医生诊治，经验证明，这时应用抗病毒药是非常危险的，而应进行保肝治疗，等到病情稳定后才能抗病毒治疗。
6、乙肝病人应定期复查肝功能和HBV的指标，过去患过乙肝，ALT正常，这可能是疾病的缓解期，肝内炎症反应轻，HBV一般处于比较稳定状态，不必应用抗病毒药，可应用免疫调节药物。
7、乙肝病毒携带者，不管“大三阳”还是“小三阳”，也不管HBVDNA阴性或阳性，均不宜应用抗HBV药物。他们即使有了症状，应当先寻找原因，看有无ALT升高，不要急于应用抗病毒药。
副作用核苷类似药物
这种药物功能主要也是抗病毒，进步免疫及恢复肝功。核苷类代表药物有拉米夫定、阿德褔韦酯、恩替卡韦、替比夫定、克拉夫定、恩曲西地平、替诺福韦、普德福韦、阿巴卡韦等。应用于临床的核苷类药品主要是拉米夫定、替比夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦四种。
拉米夫定也有抗病毒作用，且疗效明显，但最大的问题是，在使用拉米夫定半年~一年左右产生耐药、病情复发。且要求不能中断服药，由于此药半衰期较短，也就是说服药后10~15小时，药物在血中浓度会降低一半，故不可中断服药。
拉米夫定以及其它核苷类抗病毒药物，固然都能很快抑制病毒，但停药后，病毒复制很快出现，ALT升高，个别人会发生严重肝病，使疾病恶化。这种情况被称为停药后反弹或反跳，也叫停药后肝炎
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